Ce module a pour visée d’aborder la science des données de santé en croisant les points de vue développés dans plusieurs disciplines appartenant aux sciences humaines.
Le cours commencera par une présentation historique et philosophique du raisonnement statistique et de la quantification en médecine. On montrera comment l’école numérique et probabiliste en médecine s’est développée à partir du XIXe siècle par contraste avec les conceptions plus classiques et déterministes de l’administration de la preuve et de l’inférence causale que l’on trouve dans la tradition physiologique (C. Bernard) ou pastorienne. On examinera comment cette approche statistique de la médecine a donné naissance à la méthodologie des essais randomisés contrôlés et à l’épidémiologie des facteurs de risques, et on s’intéressera aux problèmes épistémologiques et aux difficultés éthiques posés par ces méthodes d’investigation.

Ce cours offre une introduction des principaux concepts techniques utilisée en science des données appliquées à la santé. L’objectif est que les étudiants acquièrent les compétences théoriques en science des données afin de pouvoir choisir les solutions les plus adaptées à leur projet en santé. Une importante partie de cet enseignement portera également sur les limites de ces technologies.

"Cet élément pédagogique permet aux étudiants de réaliser leurs premiers projets en science des données dans des conditions proches de celles rencontrées dans le monde professionnel.
Les étudiants sont accompagnés par un tuteur qui les guide et les conseille tout au long du projet.
Les projets sont réalisés dans des conditions et sur des problématiques proches des attentes du milieu professionnel."

"Ce cours s’adresse aux étudiants et praticiens de toutes disciplines qui recherchent une formation pratique à l’utilisation des langages R et Python.
Le cours est orienté science des données et statistiques - pour autant il n’y a pas de pré-requis pour suivre ce cours qui vous permettra de réaliser vos premiers pas dans ces langages et vous emmènera jusqu’à l'étude de concepts avancés, au travers de nombreuses vidéos courtes, de notebooks et d'exercices.
Le cours s’appuie sur les logiciels libres R et Python qui sont les langages parmi les plus utilisés les plus puissants disponibles actuellement pour la science des données.
Ce cours constitue un pré-requis important pour un certain nombre d’UE « techniques » du parcours Intelligence en données de santé."

"Ce cours s’adresse aux étudiants qui souhaitent appréhender et utiliser les données biologiques issues de différentes approches technologiques dans le domaine de la santé.
Les approches enseignées recouvriront la génomique, la protéomique, la cytomique, la biologie structurale, la pharmacogénomique. Ces enseignements seront complétés par un apprentissage de la structuration des données et de différents modes d’interrogation ainsi qu’une introduction aux outils d’intelligence artificielle, dans le domaine de la santé
La connaissance de ces différentes sources et des moyens existants pour les utiliser dans le dans le contexte des différentes bases de données publiques disponibles permettront leur utilisation pratique dans des très nombreux secteurs de la santé, en recherche, développement, biologie clinique.
La connaissance de la structuration des données et des différents types de requêtes qui peuvent être mises en place sont un atout majeur dans le contexte actuel de très forte production de données, ainsi que l’utilisation des outils d’intelligence artificielle qui commencent à être utilisés dans le domaine de la santé.

- Génomique et données de santé
- Protéomique et données de santé
- Pharmacogénomique et données de santé
- Cytomique et données de santé
- Structuration des données et stockage d’information
- Bio-informatique et intelligence artificielle
- Biologie structurale et données de santé"

"Cette formation va permettre d’aider les étudiants tout au long de leur master. Elle leur donne des bases solides sur la méthode de travail à adopter pendant leurs études et leur stage de recherche. Elle leur offre une liste d’outils et de bases, qui leur seront nécessaires et utiles tout au long de leur cursus scientifique et professionnel. Ainsi ils vont apprendre à utiliser les outils numériques à leur disposition (moodle, seafile, outlook…). Ils sont également apprendre les techniques de rédaction et soumission d’un CV, ainsi que d’abstracts pour une présentation orale, affichée ou écrite. De la conception à la diffusion à la communauté scientifique, tous les aspects de la publication seront également abordés. Les techniques de choix des auteurs et de la revue, de revue et synthèse de la littérature, de méta-analyses, de méthodologie, de soumission, de rédaction selon les normes demandées par la revue, de réponses aux éditeurs seront exposées et mises en pratique. Une description et une sensibilisation aux conflits d’intérêts, au plagiat, à la rédaction des références, aux lois et réglementation sur la recherche clinique ou sur l’animal et aux nouveaux outils numériques seront aussi développées et illustrées. Des formations sous forme de TD leur seront proposées pour apprendre à manipuler word, zotero, excel, powerpoint, logiciel de visioconférences… Les techniques de présentation orale en français et en anglais seront également abordées ainsi que le travail en visioconférence.
Toutes ces aides ont pour objectif d’améliorer leur travail de recherche, leur rigueur scientifique, d’intégration dans des équipes de recherche, la rédaction d’article scientifique, leur publication dans des revues indexées.
"

"Cette UE vise à poser les bases de la statistique et des statistiques, de l’inférence et du raisonnement statistiques, essentiellement dans le cadre des tests d’hypothèses. Sera de plus abordé la particularité des biostatistiques par rapport aux statistiques. Si l’inférence fréquentistse est abordée, l’essentiel de l’UE traitera de la vision et de la pratique bayésiennes de la statistique. Cette première approche d’une telle pratique sera plus volontiers enseignée sous forme de TD/TP.

L’UE sera aussi l’occasion de la prise en main d’un logiciel de traitement statistique (R). L’idée est qu’en permettant à l’étudiant de commencer à manipuler l’un des logiciels les plus couramment utilisés, il acquerra les connaissances essentielles lui permettant la manipulation ultérieure d’autres logiciels."

essais cliniques

Les cours commencent par des rappels anatomiques des membres, des éléments de mécanique articulaire et par les bases sur les différents types de mouvements et leur accomplissement. Les techniques d’analyse des gestes et des postures sont abordées et des exemples d’application mis en œuvre. L’hygiène des muscles, et les causes et traitements des dysfonctionnement musculaires sont ensuite développés comme les troubles musculo-squelettiques. Les risques et pathologies professionnelles sont identifiées. Puis, toutes les aides techniques, les prothèses-orthèses, les dispositifs médicaux de l’appareil locomoteur et en chirurgie dentaire sont traités du point de vue de leurs indications et de leur aspect recherche-conception-développement. Les aides pour personnes handicapées, l’ergonomie des postes de travail et l’éducation thérapeutique sont enfin abordées par des ergothérapeutes et médecins du travail.

Le cours est divisé en 3 thèmes principaux. La première partie du cours se concentrera sur les classes de biomatériaux (polymères, métaux, céramiques / biomatériaux naturels et synthétiques) en mettant un accent particulier sur les nouveaux biomatériaux récemment utilisés. La caractérisation des biomatériaux du point de vue gestion de risque et biologie moléculaire sera abordée. La deuxième partie du cours portera sur l'interface cellule / biomatériau et les activités de recherche visant à exploiter ces interactions pour les applications de dispositifs médicaux. Une attention particulière sera accordée aux réactions immunitaires aux biomatériaux et à leurs conséquences, ainsi qu'aux développements récents dans les biomatériaux immunomodulateurs. La dernière partie du cours porte sur les avancées récentes en matière de conception et de développement de biomatériaux, de découverte de biomatériaux à haut débit, de matériomiques, de biomatériaux sensibles aux stimuli et d'applications récentes en génie tissulaire, en médecine régénérative et en dispositifs implantables.

"Seront abordées les Données de Sciences de la Santé dans 2 domaines applicatifs : la biomécanique et les biomatériaux. Grace à cet UE, les étudiants vont acquérir une méthodologie scientifique et rigoureuse dans la collecte et l’analyse des données. Les données seront collectées soit à partir d’une recherche bibliographique, soit d’une campagne expérimentale réalisée selon un protocole expérimental prédéfini. Le traitement des données orientera les conclusions que nous pouvons tirer. Il est nécessaire de les valider et de les traiter en respectant les aspects éthiques et réglementaires.

Les techniques de synthèse, de présentation et de soumission des données à la commission scientifique seront abordées. Les outils d’aide à la décision et l’intelligence artificielle sont au cœur de la médecine de futur. A la fin de cet UE, une ouverture vers cette thématique sera présentée."

"« L’innovation désigne l’introduction sur le marché d'un produit ou d'un procédé nouveau ou significativement amélioré par rapport à ceux précédemment élaborés par l'unité légale. » De cette définition découle un processus de développement d’une idée pour en faire une innovation c’est-à-dire un produit, un service ou un procédé largement diffusé.

Le secteur de la santé est un secteur particulier et contraint au vue des risques encouru par les malades. Le développement d’une innovation doit alors respecter un certain nombre de règle (marquage CE, AMM, sécurité des données…).

Cette UE vise donc à aborder les grandes étapes du développement d’un projet d’innovation en santé, dans le respect de l’ensemble de ses contraintes. Les cours magistraux seront complétés par des TP visant, en petits groupes, à rédiger un projet avec l’ensemble des éléments nécessaires à l’obtention de financements puis à le pitcher.
« L’innovation désigne l’introduction sur le marché d'un produit ou d'un procédé nouveau ou significativement amélioré par rapport à ceux précédemment élaborés par l'unité légale. » De cette définition découle un processus de développement d’une idée pour en faire une innovation c’est-à-dire un produit, un service ou un procédé largement diffusé.

Le secteur de la santé est un secteur particulier et contraint au vue des risques encouru par les malades. Le développement d’une innovation doit alors respecter un certain nombre de règle (marquage CE, AMM, sécurité des données…).

Cette UE vise donc à aborder les grandes étapes du développement d’un projet d’innovation en santé, dans le respect de l’ensemble de ses contraintes. Les cours magistraux seront complétés par des TP visant, en petits groupes, à rédiger un projet avec l’ensemble des éléments nécessaires à l’obtention de financements puis à le pitcher."

"Ce cours s’adresse aux étudiants et praticiens de toutes disciplines qui recherchent une formation pratique en analyse d’images et de données en imagerie de l’échelle macroscopique (l’être humain, ses organes et systèmes tel qu’analysés par les modalités d’imagerie in vivo dite médicale) à l’échelle microscopique (optique et électronique). L’accent sera mis sur la continuité des méthodes mises en oeuvre quelle que soit l’échelle.
Avant d’être exploitables, les données brutes d’acquisition en imagerie font souvent l’objet de techniques de traitement du signal, qui visent à les corriger (des défauts des détecteurs…), les améliorer (par filtrage…), voire à les rendre interprétables (en tomographie).
Les méthodes d’évaluation objective de la "" qualité"" des images produites par les instruments seront développées, ainsi que les mesures des limites de ces appareils tant en termes de résolution spatiale que de contraste, et ce quelle que soit l’échelle d’observation. Le passage par la représentation des images dans l’espace de Fourier sera explicité sans recours à des développements mathématiques, afin d’en présenter l’intérêt et les usages.
L’accès aux données est un élément qui prend une importance particulière dès qu’on s’intéresse à des images acquises dans des structures de santé. Le fonctionnement des réseaux d’imagerie sera abordé aussi bien d’un point de vue théorique que pratique. Les conditions d’accès à ces données seront présentées avec des exemples fondés sur des essais cliniques.
Enfin, le traitement et l’analyse d’image ainsi que les méthodes segmentation automatique, de classification ou de débruitage d’images seront abordés."

"Le terme d’exposomique a été proposé pour la première fois en 2005 (CP Wild, épidémiologiste du cancer) et est définit comme « tout ce qui n’est pas génétique ». Il s’agit de comprendre comment les expositions liées à nos activités, à nos lieux de vie, notre régime alimentaire, notre style de vie, etc interagissent avec nos caractéristiques génétiques. Le concept est cité dans la loi de Modernisation du système de santé de 2016 : la politique de santé doit assurer « la surveillance et l’observation de l’état de santé de la population et l’identification de ses principaux déterminants, notamment ceux liés à l’éducation et aux conditions de vie et de travail. L’identification de ces déterminants s’appuie sur le concept d’exposome, entendu comme l’intégration sur la vie entière de l’ensemble des expositions qui peuvent influencer la santé humaine ». Si Wild a une vision « santé publique » (global health), d’autres auteurs (Rappaport) associent au contraire étroitement l’exposomique et la médecine personnalisée.
L’exercice de l’exposomique impose l’acquisition de nombreuses données hétérogènes (environnement, données professionnelles, régime alimentaire, dossier médical, …), qui doivent être réconciliées à un échelon individuel (problème du « misalignment des données ». Cet exercice pose donc des problèmes spécifiques d’analyse."

Traitement des données utiles au diagnostic génétique

L’UE vise à apporter aux étudiants des connaissances sur la conception des systèmes d'information, les technologies utilisées dans ces systèmes, la gestion et l'utilisation de l'information, notamment à l'hôpital, dans les réseaux de soins et en santé numérique (télémédecine par exemple).

"Les outils d’investigation des échantillons dans le monde des biomatériaux sont nombreux car il est nécessaire d’étudier du matériel inerte et/ou biologique.
Après quelques rappels mathématiques (dérivée/intégrale) nous aborderons les principes de base de la microscopie optique (propagation de la lumière, oscillations et ondes, propagation de la lumière, optique ondulatoire) et ses applications (contraste de phase, interférentielle, diffraction,…). Les différents types de microscopie électronique seront aussi abordés (microscopie électronique à balayage et/ou à transmission) ainsi que les techniques associées (microanalyse X, électrons secondaires, rétrodiffusés, perte d’énergie des électrons). La préparation des échantillons sera aussi enseignée."

"Éléments de base de l'administration de nanomédicaments, des nanomatériaux et des applications en nanobiomédecine dans différents domaines cliniques tels que gastro-intestinal, pulmonaire, cardiovasculaire, dermatologique et odontologique.
Les cours seront subdivisés en deux sections principales. Dans la première partie de chaque cours, les principes de base généraux et les aspects de la nanophysiologie et de la nanobiomédecine applicables aux modèles in vitro et in vivo seront présentés avec un accent particulier sur l'administration de nanomédicaments, les nanosupports, la nanofabrication et la validation QC des nanomédicaments, y compris les nanomatériaux et la nanotoxicologie. Dans la deuxième partie, l'environnement réglementaire européen en nanobiomédecine sera mis en lumière avec un accent particulier sur les défis liés à la coexistence des législations européenne et nationale. Son impact sur le développement préclinique et clinique des nanomatériaux et des nanobiomédicaments sera discuté.
Chaque cours d'enseignement sera composé d'1h de cours magistral et d'1h de TD.
Les tutoriels consisteront en une analyse détaillée de rapports d'études de cas liés aux sujets des cours. Les étudiants présenteront la publication ou une partie de publication qu'ils devaient étudier."

Droit pour les non juristes

"Ce cours offre une approche d’apprentissage par la pratique dans le domaine des sciences des données en santé. L'objectif pour les étudiants est d’être capable d'identifier et de mettre en oeuvre les méthodologies adaptées pour répondre à des problématiques polyvalentes en lien avec les données de la recherche biomédicale.
Ce cours est organisé autour de la réalisation de quatre travaux personnels réalisés en petits groupes de travail. Le cours magistral sert à présenter les notions indispensables à la réalisation des travaux personnels. Les TD sont des séances de travail collectif visant à accompagner l’avancée des travaux personnels.
Ce cours constitue une étape importante dans le développement de compétences techniques (capacité à préparer les données, capacité à tirer parti du machine learning et de l'intelligence artificielle,…) et personnelles (approche proactive de la résolution des problèmes, communication efficace, sensibilité métier, curiosité intellectuelle,…) en science des données de santé."

"L’UE s’articule notamment avec « Ouverture professionnelle » dont le lieu de stage peut correspondre au futur lieu de stage de S4. Si ce n’est pas le cas, l’étudiant doit absolument, s’il n’a pas encore de lieu déterminé, profiter des semaines de recherche de stage d’ouverture pour aussi chercher son stage de S4.
Un maître de stage au sein du lieu d’accueil est désigné pour chaque étudiant et un tutorat est assuré par un des membres de l’équipe enseignante du master. L’enseignement est validé sur la production d’un rapport bibliographique écrit sur la question de recherche de l’étudiant. Cette question, même si elle est amenée à évoluer au début du stage de S4, doit si possible être proche de la question finale et doit avoir été discutée avec le maître"

"Cet élément pédagogique enseigne aux étudiants les particularités du marché du travail, les forme à la recherche de stage, à la création de CV, leur donne les clefs pour réussir leurs entretiens.
Il vise de plus à les immerger pendant 1 semaine dans le milieu professionnel. Ce stage peut servir de préfiguration au stage de S4, mais se veut plus orienté vers la découverte professionnelle que vers la préparation d’un stage de recherche."

"Ce cours concerne les méthodes d’étude in vivo (et leur extension ex vivo lorsqu’elles existent)
employables dans les modèles animaux, et au plus proche des techniques utilisées chez l'homme, afin d’observer des processus biologiques de manière non invasive.
L’accent sera principalement mis sur les modalités d’imagerie (à l’exclusion des techniques
microscopiques optique et électronique). En premier lieu, nous définirons l’image ainsi que ses
propriétés (contraste, résolution spatiale…) Seront ensuite détaillées les principales techniques
d’imagerie dite médicale : radiographie, tomodensitométrie ("" Scanner X"" ), Imagerie par
Résonance Magnétique nucléaire, échographie et médecine nucléaire (scintigraphie
monophotonique et tomographie par émission de positons). L’accent sera mis sur les aspects
physiques fondamentaux et leurs conséquences en terme de contraste entre les tissus, de résolution spatiale… Une introduction à l’emploi des animaux en expérimentation sera enseignée. Les méthodes de mesures in vivo chez l’animal de laboratoire (ECG, prélèvements de fluides biologiques…) seront présentées, en parallèle avec ce qui se pratique chez l’homme, ainsi que les contraintes à leur mise en oeuvre.
Des exemples (imagerie osseuse…) seront détaillés afin de montrer l’apport (notamment
quantitatif) de ces techniques dans la recherche d’une solution ainsi que les images typiques des biomatériaux et dispositifs déjà employés au quotidien."

Objets connectés

Cette formation va permettre à l’étudiant à se familiariser au monde professionnel et à la création d’entreprise. Elle va leur offrir une liste d’outils, de plan de financement, de réseaux, qui leur seront nécessaires et utiles dans leurs démarches professionnelles. Des rencontres avec des entrepreneurs, des patrons et employeurs de PME dans le domaine de la recherche vont être organisées. Le monde associatif va également les conseiller pour créer une association à but lucratif selon les différentes lois françaises en vigueur. Un expert -comptable, un juriste ou un médecin du travail vont leur expliquer les différentes directives en vigueur ou démarches à effectuer. La création d’une start-up, la recherche de collaborateurs, d’aides financières seront abordés.

"Cet enseignement pose dans un premier temps les bases de l’hygiène hospitalière : définition des infections associées aux soins (ou IAS, anciennement appelées infections nosocomiales), cadre règlementaire et normatif, modes et voies de transmission préférentiels, microorganismes incriminés. Une fois la compréhension du risque établie, l’enseignement décline les principaux axes et les principales méthodes de protection de l’équipe soignante et des patients, pour garantir la sécurité des soins. Ceci passe notamment par les équipements de protection individuels (EPI), l’hygiène des mains, la gestion du linge et des déchets.
Dans un deuxième chapitre, les traitements appliqués aux dispositifs médicaux (DM) sont enseignés. Ainsi, l’étudiant parcourra les traitements chimiques antimicrobiens (désinfectants, antiseptiques) et les traitements physiques antimicrobiens existants (principalement le traitement à la vapeur d’eau saturée et plus globalement la chaîne de stérilisation), afin de comprendre quel traitement appliquer à chaque DM en fonction de sa criticité, et de pouvoir le mettre en application.
Des articles scientifiques pourront être mis à disposition pour approfondir certains points. Le cours sera accompagné de quiz et d’exercices corrigés non obligatoires, afin de jalonner l’enseignement en ligne et de proposer un calendrier à l’étudiant."

"Ce cours s’adresse aux étudiants qui souhaitent maitriser la lecture critique d’articles scientifiques en particulier des publications médicales.
La lecture critique recouvre des critères qui permettent de gagner du temps lors de la recherche bibliographique et de repérer l’information utile dans la littérature scientifique. Les critères de lecture rapide, la sélection d’articles ou encore la lecture approfondie et l’analyse de la méthodologie seront abordés.
Le cours est organisé autour de cas pratiques."